La historia del Monasterio de San Miguel de los Reyes, lugar donde tiene su sede la actual Biblioteca Nacional Valenciana, puede ser calificada de cualquier forma excepto "tranquila". De hecho, el monasterio está compuesto por diversos elementos arquitectónicos que, unidos, conforman todo el complejo. En el Monasterio, se dan cita: una alquería islámica; un monasterio cisterciense, Sant Bernat de Rascanya; un monasterio jerónimo, San Miguel de los Reyes y un complejo penitenciario. Todos ellos se fueron construyendo y agregando, las demoliciones han sido escasas, a lo largo del tiempo y fueron modificando todo el complejo transformándolo hasta lo que es hoy.
El último uso que se le dio al recinto antes de su rehabilitación como sede de la Biblioteca fue el de prisión. Debemos señalar que desde 1835, fecha en la que se abandonó completamente su utilización como centro religioso tras la desamortización y el abandono por la comunidad jerónima, hasta 1874 cuando se decidió su conversión en Presidio Nacional estuvo abandonado llegando incluso a considerarse su demolición. Sin embargo, fue durante la Guerra Civil española cuando se vivieron los momentos más dramáticos en sus instalaciones ya que fueron encerrados y ejecutados por el régimen franquista cientos de prisioneros del bando republicano.
Por supuesto que en aquella cárcel que en el futuro se convertiría en biblioteca también vivieron bibliotecarios. Ana Perpiñán nos describía los azares que éstos sufrieron mientras vivieron recluidos en ella en su texto Presos Bibliotecarios.
A lo largo de su existencia, San Miguel de los Reyes se ha convertido en el lugar de último reposo de muchas personas. En 1537, la reina Germana de Foix pensó que este lugar sería el más adecuado para que reposara su cadáver con la intención de crear un lugar similar al Escorial, que sirviera para el reposo eterno de reyes y príncipes. Aunque fueron los monjes que lo habitaron y, posteriormente, aquellos que fueron fusilados durante la represión franquista los que fueron enterrados allí. Parece ser que aún quedan almas errantes en él.